圆通寺原名宁国寺,始建于五代后周显德五年(958 年),为史载钟埭最早的宗教建筑,宋代治平元年(1064 年)改为今名。元朝时被毁坏。明代洪武二十二年(1389 年)重新修建,名为圆通教寺,后屡坍屡修,至清代同治年间再次重修。上世纪五六十年代陆续被拆毁,改建为学校与粮管所,但原寺中的古银杏至今茂盛不衰。
圆通寺久负盛名,香火兴盛,旧时寺中千佛阁、周公祠、通济桥、起凤轩、来鹤亭、退院等引人入胜,兴盛时有日本僧人入驻寺内学习取经并圆寂葬于该寺塔林。
2016 年起异地重建,位于樱花公园对岸、嘉善塘右侧,占地 35 亩,恢复圆通宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼等。每年夏初秋末举办水路法会、赛龙舟、禅修祈福节、花海辟谷等佛事活动。
圆通寺一期工程占地12.5亩,主要建筑为圆通宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼等。